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对于过敏性疾患的认识：过敏性疾患，属于免疫系统功能障碍导致的各变态反应性疾病。在隋代，人们认识人免疫系统状态的能力还是非常有限的，而《诸病源候论》中关于“漆疮”的描述，弥补了病因学在这一领域中的空白。巢元方观察到同样接触到漆，有人立即面痒，继之胸、臂、腿及身各部均搔痒肿起，凡以手搔之，红肿迅速蔓延；重者通身疮毒如豆或大如杏枣，脓肿热疼痛；再次接，依然发病如初，这类人便是“禀性畏漆”者；而另有许多人终日烧煮漆，却反不为之所害。巢氏认为这是在于人本性中对漆耐不耐之别的禀赋差，人无论男女大小，皆有耐漆不耐漆者。这对接触过敏性病变的认识，尤其是对个差的认识，无疑是十分正确的。联想到19世纪前后青霉素问世，而许多患者因未经过敏试验便注射，以至引起过敏，甚至死亡的那段历史，巢元方这一观察之精和分析之深刻便更令我们肃然起敬。
关于生殖系统疾患，巢元方《诸病源候论》突出强调了男性不育症的病因在于精冷精稀导致不育、精不射出导致不育，指明无嗣并非女方单方患病所致，这一论述的意义远远不限于医学治疗领域。另外，关于妇女不孕，巢元方详细列述病因，有风冷入胞、月经不利、腹部肿瘤、子宫脱垂等，以便医家临证详审细分，对证治之。关于新生儿破伤风(脐疮)和小儿先天性癫痫，《诸病源候论》中都予以具有进步性的阐述。对于各种临床最为常见的内科杂病，巢元方也有更为详尽的论述。如对“真心病”病因的介绍，巢氏指出：心之正经不可伤，伤之而痛为真心痛，朝发夕死，夕发朝死。更进一步区别发病之愈后不同的原因，巢氏强调根本原因在于伤正经者速死，伤支别络脉者乍间乍甚，故成疹不死---原因在于伤损动脉的大小主次之别。
《诸病源候论》作为一部研究诸病原因及证候的专著，自然不会忽略占病痛中相当部分的外科、伤科疾病。因而，书中大量有关外科手术、作科治疗的记载，充分反映了隋代及其前期的中医外科、伤科医疗水平。如书中记载对于开放性创伤创面异物去除必要性的认识：“金伤筋骨候”中强调只有清除异物，才能促进创口愈合；如碎骨或其他异物未除，便令人脓血不绝，痛烦不安；若箭镞入内则必先拔出，而后敷药方可合伤愈。这与当代创伤外科的清创原则是一致的。
另外，《诸病源候论》还令人惊叹地论述到肠吻合术的实施方法步骤、术后注意事项等。肠吻合术应和于腹部创伤肠管断裂者，取断肠两端可见者，迅速以针缕如法，边续断肠，后取鸡血涂于缝口上，勿令气泄，推入腹内。术后护理重点在于二十日内研米粥饮服，不可饱食，术后百日方可正常进食。虽然我们不可能了解到这种肠吻合术如何消毒，如何抗感染等以及它的成功率有多高，只要想到这是公元7世纪的外科手术记载，便足以感慨不已了。更为惊人的是，《诸病源候论》还记载了“？”---大网膜的切除术，包坏死的大网膜部分的血管结扎和大网膜部分切除术。采用生丝线将腹部外伤中受损的大网膜动脉结扎一夜，造成供血区域的扇形坏死，次日将其坏死部分一并切除；切除术后不可立即缝合腹腔，须将腹腔内血汁导出(引流)；缝合部有严格的纵横、阴阳、逆顺、缓急等层次区别，使腠理皮肤，复愈如常。这一记录证明了《诸病源候论》所介绍的外科腹部水平是公元7世纪人类外科医学的最高峰。
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